Islam pertama kali masuk ke wilayah yang sekarang menjadi Indonesia pada abad ke-7 Masehi melalui pedagang Arab dan India yang melakukan perdagangan dengan kepulauan Nusantara. Meskipun tidak ada bukti konkret, tetapi catatan-catatan sejarah menunjukkan bahwa hubungan perdagangan antara dunia Islam dan kepulauan Nusantara telah terjalin sejak masa awal Islam.
Kedatangan Islam di Indonesia secara signifikan terjadi pada abad ke-13 Masehi, terutama melalui jalur perdagangan dan pernikahan antara pedagang Muslim India, Arab, dan Gujarat dengan penduduk pribumi Indonesia. Pada masa itu, pelabuhan-pelabuhan seperti Aceh, Sumatera Utara, dan Jawa menjadi titik-titik pertemuan antara dunia Islam dan masyarakat Nusantara.
Salah satu tokoh penting dalam penyebaran Islam di Indonesia adalah Syekh Datuk Kahfi, yang diyakini berasal dari Timur Tengah atau Turki. Dia dikenal sebagai wali Allah yang memiliki kekuatan supranatural. Kisahnya tersebar luas di masyarakat, dan makamnya di Gunung Geulis, Bogor, masih menjadi tempat ziarah yang populer hingga saat ini.
Kedatangan pasukan Islam pertama kali secara resmi tercatat dalam sejarah melalui ekspedisi yang dipimpin oleh Samudera Pasai dari Aceh pada abad ke-13 Masehi. Kerajaan Samudera Pasai menjadi pusat penyebaran Islam di wilayah Aceh dan sekitarnya. Selain itu, penyebaran Islam juga dipengaruhi oleh kedatangan ulama-ulama dari Timur Tengah dan India yang menyebarkan agama Islam dan mengajar ilmu agama di berbagai wilayah di Indonesia.
Meskipun penyebaran Islam di Indonesia pada awalnya berlangsung secara damai melalui jalur perdagangan dan perkawinan, namun kemudian ada juga upaya penyebaran agama melalui ekspedisi militer. Namun, penyebaran Islam di Indonesia secara keseluruhan lebih dipengaruhi oleh faktor perdagangan, perkawinan, dan pendekatan dakwah yang lembut daripada upaya penaklukan militer.